每周资讯 | 液体活检在乳腺癌精准医疗中大有可为
肿瘤标志物——【每周资讯】：· 潘星华团队创建高度稳健和高效单细胞代表性甲基化测序新技术（msRRBS）· 基于人血浆蛋白质组与基因组数据，鉴定新型CRC蛋白质标志物及药物靶点· 液体活检在乳腺癌精准医疗中大有可为，ESMO转化研究奖花落于此· 罗氏诊断全新一代cobas“双子星”中国上市· Precede Biosciences展示新一代液体活检平台
前沿速递
1、潘星华团队创建高度稳健和高效单细胞代表性甲基化测序新技术（msRRBS）
近年DNA甲基化标记在肿瘤早筛和监测中得到业界高度重视，但这种标记的来源仍然受限于传统的群体细胞研究。基于重亚硫酸氢盐的测序是检测DNA甲基化的金标准，主要技术有简并代表性测序（RRBS）和全基因组测序（WGBS）两种。其中WGBS测序费用较高，每个单细胞scWGBS的测序基本相当于一个全基因组测序，而RRBS测序费用较低、关键元件覆盖相对高效，但是建库程序繁琐。长期以来，许多学者探索提高单细胞甲基化测序的通量，目前在scWGBS的高通量测序有多种方案获得成功，但需要专门的微流体技术，而且每个单细胞的mC碱基的覆盖非常零散、一致性较低。而scRRBS技术也有几种方法相继报道，但是稳健高效、切实可行的解决方案仍然为行业所期盼。
近日，南方医科大学基础医学院生物化学与分子生物学教研室和广东省单细胞技术与应用重点实验室潘星华教授团队在经典核酸研究杂志Nucleic Acids Research上发表了题为“Shortcut barcoding and early pooling for scalable multiplex single-cell reduced-representation CpG methylation sequencing at single nucleotide resolution”的研究论文（IF 14.9）。潘星华教授为文章的独立通讯作者，博士后麦丽瑶为文章第一作者，硕士研究生温泽彬，博士研究生张裕龙和硕士研究生高禹为文章的共同一作。这是一种可扩展的中通量单细胞水平和单碱基分辨率的简并代表性DNA甲基化测序（msRRBS）技术。msRRBS的单细胞CpG岛等核心调节原件的覆盖度、有效数据的比例和成功率获得迄今最好的表现，而且一批细胞的全部文库构建流程仅需要4小时的人员操作时间，与传统方法相比较时成本也呈数量级降低，为单细胞DNA甲基化的应用提供了一种独特的稳健而高效的新方案，必将推动单细胞DNA甲基化测序领域的发展。
信息来源：基因谷https://mp.weixin.qq.com/s/7b0ye0ov_eDA7uY8sYluEg
2、基于人血浆蛋白质组与基因组数据，鉴定新型CRC蛋白质标志物及药物靶点
结直肠癌（CRC）是胃肠道中常见的恶性肿瘤，也是全世界第三常见癌症，约占所有癌症病例的10%。通过实施初级预防或早期检测、靶向抗癌治疗等，可以显著降低CRC发病率并提高患者生存率。已有研究发现几种循环蛋白与CRC风险相关，但这些研究大多存在蛋白质数量少、观察设计或样本量较小等局限，限制了科研人员探究蛋白质标志物在CRC风险中的因果作用。
近期，来自浙江大学、英国爱丁堡大学等机构的研究人员合作，在Genome Medicine上发表了题为“Identification of novel protein biomarkers and drug targets for colorectal cancer by integrating human plasma proteome with genome”文章。通过将人血浆蛋白质组与基因组数据相结合，研究团队进行蛋白质组范围的孟德尔随机化（MR）分析，以系统地识别与CRC风险相关的循环蛋白生物标志物。研究团队对4,853种血浆蛋白与CRC风险之间的因果关联进行了全面研究；采用单细胞类型表达分析来检测结肠肿瘤组织中富集的细胞类型，并进行成药性评估，以探索其作为CRC治疗靶点的潜力。
研究团队进行了一项蛋白质组范围的孟德尔随机化（MR）研究，共发现了13种蛋白质标志物与CRC易感性相关，其中2种蛋白质呈正相关、11种蛋白质呈负相关。此外，该研究还将上述蛋白质分为3个不同级别，其中6个（CLSTN3、POLR2F、ADPGK、CSAG1、STXBP6、FUT3）是与CRC相关的新型血浆蛋白标志物。
信息来源：测序中国https://mp.weixin.qq.com/s/vrCfB505IAPtxXkTwHRJQQ
行业会议
液体活检在乳腺癌精准医疗中大有可为，ESMO转化研究奖花落于此
由欧洲肿瘤内科学会（ESMO）主办的2023 ESMO年会于2023年10月20-24日在西班牙马德里举办。作为肿瘤领域全球最大规模、最高水平的学术会议之一，ESMO年会涵盖了多领域、多瘤种的前沿进展。当地时间10月20日，ESMO奖、ESMO转化研究奖、ESMO女性肿瘤学家奖及ESMO终身成就奖得主正式公布。其中ESMO转化研究奖授予英国的尼古拉斯·特纳（Nicholas Turner）教授。
古拉斯·特纳提出，ctDNA检测能在预测治疗反应和检测疾病复发方面发挥关键作用。他表示：“既往看来，可靶向的基因突变是通过组织学活检的手段来确定的，然而这些活检都是侵入性的，可能会受到组织异质性的限制同时可能无法进行实时监测。为了提高肿瘤学生物标志物的效用，我的研究重点是利用液体活检来指导乳腺癌的治疗。例如，在plasmaMATCH这项IIa期研究中，我们证明了ctDNA检测可以高灵敏度、高准确性地检测到靶向突变。此外，在这项研究中，通过ctDNA分析发现存在HER2和AKT1罕见突变的患者对HER2和AKT抑制剂产生了重要的临床缓解。”
“我们还对探索ctDNA在预测早期乳腺癌患者复发风险方面的潜力非常感兴趣。开展了一项针对早期三阴性乳腺癌患者的c-TRAK TN II 期试验，这也是首个对乳腺癌分子残留病灶（MRD）的ctDNA进行前瞻性评估的研究，加强了早期和经常性地检测ctDNA对MRD的重要性。我们团队目前正在进行一项试验，以确定 ctDNA 是否可用于正在接受内分泌治疗的早期激素受体阳性乳腺癌患者的复发情况（TRAK-ER研究，NCT04985266）。参加这项研究的患者将在长达3年的时间里每3个月接受一次ctDNA检测，ctDNA检测呈阳性的患者将被随机分配至继续接受标准内分泌治疗或接受其他治疗。我们希望这项研究能够表明，通过早期检测复发和启动有效疗法，可以改善乳腺癌预后。”
信息来源：中国医学论坛报https://mp.weixin.qq.com/s/iag_t3X0GImj0zQHdSv-JA
企业动态
1、罗氏诊断全新一代cobas“双子星”中国上市
日前，罗氏诊断中国宣布全新一代cobas pro及cobas pure整体解决方案在中国隆重上市。集合多项最新“黑科技”，cobas pro及cobas pure突破时间、空间等限制，为不同规模的实验室提供一致的标准化操作系统，以较少的资源最大限度地提高检测效率，推动跨医疗网络的高效运转，从而进一步提升医疗服务的速度与准确性，优化患者管理。
cobas pro是一种可扩展的模块化解决方案，凭借高速的分析模块、智能的样本路径和更短的检测孵育时间，测试速度达到4,400测试/小时，其中93%的罗氏免疫检测时间仅为18分钟或更短，通过连接CCM（cobas connection modules）实验室自动化整体解决方案，充分满足中高通量实验室的生化和免疫检测需求。
此外，新增的cobas SonicWash超声清洁技术和cobas AutoCal自动校准等创新功能，不仅可以更大程度地减少样本携带污染导致的人工复查，还打破了传统的实验室校准概念，进一步减少手工操作，节省检测时间，为实验室未来发展提供更多弹性。
信息来源：MedTrend医趋势https://mp.weixin.qq.com/s/NI2R9nDMaJZMajf4e5w_tQ
2、Precede Biosciences展示新一代液体活检平台
10月21日，在欧洲医学肿瘤学会大会（ESMO）上，刚完成4亿元A轮融资的Precede Biosciences展示了自主研发的液体活检平台，其通过分析循环染色质的激活状态，克服了DNA突变和甲基化分析的局限性，进而准确地检测癌症和其他疾病，同时监测患者在治疗过程中的疾病状态。
Dana-Farber癌症研究所的医学肿瘤学家兼Precede联合创始人Sylvan Baca分享了一项研究，展示了通过其液体活检平台，对来自15种癌症类型的400多名个体的血浆样本进行分析。研究结果在10月21日也同时发表在《Nature Medicine》上。
这项研究使用了一种新的ctDNA检测方法，结合免疫沉淀法，来研究循环染色质的激活状态，提供了深入了解癌症机制和个体化治疗的方式，为癌症筛查诊断、预后提供了新途径。
信息来源：基因谷https://mp.weixin.qq.com/s/ycjdXB86zoa6AjG6wkyaUQ
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