［文献解读］食管癌的异质性与进化

Tracking the genomic evolution of esophageal adenocarcinoma through neoadjuvant chemotherapy
$ ^/ c' [+ x) H0 kCancer Discov. Aug  2015

+ K5 K2 L( @- b$ l摘要
1.文章展示了食管腺癌（EAC）的进化频谱，表现为复杂的驱动突变、平行进化以及基因组加倍
2.阐明异质程度与新辅助治疗（NAC）疗效的相关性：异质性低的宿主，NAC疗效更好
& X& E. a4 G0 Z9 o' g+ Y; t3.多部位测序（M-seq）显示：CTT区域的T>G突变随着肿瘤进化显著减少；含铂的NAC会增加CpC区域的C>A突变
4.基因组不稳定性是EAC进化的早期事件，会导致化疗过程中产生可靶向的原癌基因扩增，为未来的治疗方案提供理论基础
背景
7 }6 t  V+ p$ u9 ~1.食管癌预后不良，过去20年EAC在西方国家的患病率显著上升
2.手术前NAC治疗能够改善患者预后，但是50-60%的肿瘤对治疗耐药
; Y& {: f3 Z* \& I+ H6 ]3.对单个肿瘤多部位的M-seq数据进行进化分析，可以区分存在于所有部位的早期突变
/ {0 Z% t5 w; s+ b6 {9 M
Multi-tumor regions
方法
% k  S% Z& b: ^7 a/ @
结果——体细胞突变的瘤内异质性
6 {2 O. E6 y+ q. h# x. M

以EAC005患者为例
对NAC前后的突变频谱进行进化分析（parsimony ratchet method），可将突变分为四类：
2 R& K. x/ t/ J3 z1.主干（蓝色，ubiquitous）突变：存在于肿瘤组织的所有部位
2.共享（橙色）突变：存在于1个以上的部位中
) t+ F  m* K1 T6 w3.NAC前的独有（红色）突变：仅存在NAC前的1个部位
4.NAC后的独有（绿色）突变：仅存在NAC后的1个部位
后三类均属heterogenous突变
5 X# j% U; N) d( K
3 ]! x6 X6 Q6 W& n6 {! N其余7例患者的进化分析

. ~4 Y; }# R3 C+ E异质程度与新辅助治疗（NAC）的疗效相关：化疗前异质性越低的宿主，NAC疗效越好。
3 U8 g/ c) j& o! I& Y  i5 F
为了定量分析肿瘤细胞中的SNVs，作者整合了三个变量（拷贝数，VAF和肿瘤负荷）来计算Cancer Cell Fraction (CCF)，并且将SNV进行聚类。

结果显示：
1.单一部位取材不能准确分析克隆频谱，因为一些热点突变仅存在于某个部位且显示出高CCF，如EAC001患者中的SLC39A12 pA44E突变
2.通过不同部位的共享突变位点个数，可以判断部位间的空间距离，如EAC001患者的R2离R1比R4更近
! `% s) C; b1 [+ w2 M6 B( T* W
& r5 i: d+ o5 e* \# O  QM-seq结果还显示EAC样本中还存在大量的拷贝数变异
1.超过40%的变异来自于扩增（A），说明基因组扩增是肿瘤进化的早期事件
2.通过与TCGA中ESCA的数据进行比对，发现有15个片段在至少一个肿瘤中存在扩增。这些片段大多对应可作为靶点的原癌基因。
8 E7 ^" f* C4 q结果——突变频谱的时空解析

6 v5 a8 w/ @+ I  Q' i: z; gTrunk代表早期突变；Branch代表晚期突变
结果显示： T>G突变随着肿瘤进化显著减少
; W6 N% |& q) y; U6 W
接受含铂药物的NAC治疗会产生特异的分子标签， C>A突变增多

3 a0 c/ K" c  z6 F) {本文从时间（新辅助前后）和空间（多部位测序）两个维度对食管癌的分子进化图谱进行了阐述和解析。
讨论
$ `8 S+ l7 S- B' Z* v- w1.EAC的单样本检测会低估肿瘤异质性和突变负荷。虽然M-seq检测到的总突变中位数远高于单个部位检出的突变，但仍然只检到肿瘤的局部
2.基因组扩增和TP53、CDKN2A等抑癌基因的突变是EAC的驱动事件
+ [. N5 T& w, A6 }2 W9 Q6 z3.原癌基因的扩增普遍存在且不受含铂药物的干扰，但有可能成为新药物靶点
4.NAC的纵向实验可能进一步解析瘤内异质性与细胞毒反应及复发的关系，用来预判治疗耐药以降低治疗的医源性影响
4 l8 t3 {3 |3 U转自吉因加科技微信订阅号
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